El propósito de este artículo es analizar la experiencia de implementación de la nueva política de participación ciudadana de la Dirección de Desarrollo Comunitario (DIDECO) de la Municipalidad de Santiago, desarrollada durante la gestión de la alcaldesa Carolina Tohá (2012- 2016). Para ello se presentan los principales hallazgos la Investigación-Acción Participativa liderada por los autores en la Municipalidad durante los años 2014- 2015. Esta tuvo como objetivo generar competencias de gestión en los gestores territoriales y estructuras intersectoriales para apoyar su rol. Con este objetivo, se desarrollaron talleres de análisis de rol organizacional que permitieron generar un espacio comunicativo para la contención de las contradicciones organizacionales y la comprensión de los dilemas y tensiones que experimentaban los gestores en el desempeño de su rol de vinculación con la comunidad. Este esfuerzo colaborativo entre investigadores COES y DIDECO permitió implementar transitoriamente una estructura intersectorial para la coordinación de diversas políticas municipales en el territorio, inédita en el contexto chileno. Sin embargo, la falta de incentivos estructurales para la cooperación interna hizo que las autoridades abandonaran el proyecto a comienzos de las elecciones municipales de 2016. A pesar de esto, los logros alcanzados muestran, por un lado, la utilidad de los métodos socioanalíticos para la transformación de organizaciones dentro de marcos institucionales rígidos; y por otro lado, permiten vislumbrar posibles caminos para la generación de políticas de participación de largo aliento.